Najlepszym sposobem radzenia sobie z chorobami roślin jest zintegrowanie szeregu praktyk kontrolnych, które mogą obejmować odpowiedni płodozmian, wybór odmian uprawnych tolerujących choroby lub odpornych na choroby, czas sadzenia, poziom nawożenia, warunki sanitarne i stosowanie fungicydów.
Fungicydy są często istotną częścią zarządzania chorobami, ponieważ w zadowalający sposób zwalczają wiele chorób. Praktyki hodowlane często nie zapewniają odpowiedniego zwalczania chorób, a odporne odmiany nie są dostępne lub nie są akceptowane na rynku w przypadku wielu chorób, oraz niektóre uprawy o wysokiej wartości dla człowieka mają wyjątkowo niską tolerancję na objawy chorób. Z tych właśnie powodów do ochrony plonów przed grzybami i pleśnią stosuje się odpowiednio dobrane fungicydy. W przeciwieństwie do większości leków stosowanych u ludzi, większość fungicydów musi być zastosowana przed wystąpieniem choroby lub przy pierwszym pojawieniu się objawów, aby były one skuteczne. W przeciwieństwie do wielu chorób ludzi i zwierząt, stosowanie fungicydów nie może wyleczyć już istniejących objawów, nawet jeśli patogen jest zabity.
Dzieje się tak, ponieważ rośliny rosną i rozwijają się inaczej niż zwierzęta. Fungicydy zazwyczaj chronią tylko nowy, niezakażony wzrost roślin przed chorobami.
Niewiele fungicydów jest skutecznych przeciwko patogenom już po zakażeniu rośliny. Te, które mają właściwości lecznicze, co oznacza, że są aktywne przeciwko patogenom, które już zainfekowały roślinę, mają ograniczoną zdolność do tego, i często działają na patogen dopiero w ciągu kilku dni od zakażenia. Niektóre fungicydy w rzepaku jesienią mają ukierunkowane działanie, które zapewnia wysoką skuteczność przeciwko określonym patogenom, co oznacza niski potencjał toksyczności dla ludzi i innych organizmów, ale także powoduje wysokie ryzyko rozwoju oporności patogenów na fungicyd. Oporny patogen jest mniej wrażliwy na działanie fungicydu, co powoduje, że fungicyd jest mniej skuteczny lub nawet nieskuteczny.
